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La Chiesa si trova nell’omonimo campo, nella parte nord del sestiere di Cannaregio.

Venne costruita verso la metà del XIV secolo dalla congregazione degli umiliati e venne dedicata a Dio, alla Beata Vergine e a San Cristoforo (Santo patrono dei viaggiatori e dei traghettatori).

Il nome è di derivazione popolare, le venne dato dopo che la statua della Madonna fu collocata al suo interno nel 1377. La statua è un’opera di Giovanni De Santi, che inizialmente la lasciò incompiuta nell’orto di casa sua. La statua cominciò a destare l’attenzione popolare quando la moglie affermò di vedere degli strani bagliori provenire dall’opera. Cominciò quindi un pellegrinaggio sempre più importante, tanto che la Chiesa fu costretta ad acquistarla per evitare forme improprie di culto.
In cambio concesse al De Santi di essere sepolto davanti alla sua statua (dovunque essa fosse stata collocata), di avere una Messa perpetua in suo onore e ottenne anche 150 ducati come pagamento (una somma ingente per l’epoca).

La Chiesa venne restaurata nel 1399 (poggiava su delle fondamenta molto fragili), e nel 1414 le venne assegnato ufficialmente il nome di "Chiesa della Madonna dell’Orto" dal Consiglio dei Dieci (nome che comunque era già consolidato a livello popolare).
Poco dopo (nel 1462) gli umiliati vennero scacciati per il loro depravati costumi e la Chiesa fu assegnata alla pia congragazione dei canonici secolari di San Giorgio (soppressa poi nel 1668).
Dal 1931 la parrocchia è affidata ai padri della Congregazione di San Giuseppe (padri giuseppini) di San Leonardo Murialdo.

La chiesa è uno degli esempi più belli dell’architettura gotica a Venezia. La facciata e il chiostro sono del quadriennio 1460-1464, con statue degli inizi del Cinquecento. Dello stesso periodo il campanile a cupola, terminato nel 1503. Gli interni sono impreziositi da alcuni dipinti di Jacopo Robusti detto il Tintoretto, oggi sepolto nella navata destra, e dei quali si conserva ancora il contratto, datato 14 maggio 1565.

La facciata è arricchita dal portale (1483), opera di Bartolomeo Bon, alla cui sommità vi è un arco con tre statue raffiguranti San Cristoforo, la Vergine e l’Arcangelo Gabriele.

L’interno è a tre navate, ad impianto basilicale, con arci acuti sorretti da colonne di marmo (alcune monolitiche). Ciò che rende la chiesa così famosa non solo a Venezia sono le dieci tele del Tintoretto che abitava e lavorava nel vicino Campo dei Mori.
Sul lato sinistro vi sono 4 cappelle funerarie di alcune importanti famiglie (da sinistra a destra) Valier (rinascimentale), Vendramin, Morosini (gotiche) e Contarini.
Nel lato destro della chiesa sono dislocati gli altari laterali e un importante monumento funerario che Girolamo Cavazza, diplomatico al servizio della Repubblica di Venezia si fece costruire nel 1657 dopo esser stato ammesso al Patriziato.

Il Campanile della Chiesa, alto circa 56 metri, domina i tetti della città di Venezia: la torre è visibile da gran parte della laguna nord ed è uno dei primi campanili veneziani che si vedono giungendo a Venezia dal ponte translagunare.. Fu costruito fra il XV ed il XVI secolo.
Alla sua sommità si trova la statua de Redentore ed ai lati vi sono quelle dei quattro evangelisti. Sono tutte opere di Pietro Lombardo.